교육감 직선제 폐지를 둘러싸고 보수 성향의 교총과 진보 성향의 전교조도 대립각을 세우고 있다. 교총은 설문조사에서 직선제 폐지를 주장하는 교원이 73.5%나 된다고 밝혔다. 직선제 반대 이유로 정치적 중립 훼손(41.6%), 교육부·지자체-교육청 간 정책방향 갈등(17.2%), 후보 난립과 지나친 흑색선전 등 정치 선거화(10.1%), 후보자 이름도 모르는 로또선거(8.4%) 등 설문조사 결과를 제시했다.
전교조는 “교총이 이번 판결을 교육감 직선제 자체에 대한 유죄판결이라고 단정하면서 교육감 직선제 폐지라는 해묵은 주장을 되풀이하는 기회로 삼는 것은 유감”이라며 “확정되지도 않은 판결을 교육감 직선제 자체와 연결해 문제 삼는 것은 지나친 논리적 비약”이라고 주장했다. 교육감 직선제를 옹호하는 측은 이 제도가 국민 합의로 탄생했고, 교육자치는 주민들이 주체가 되는 제도이기에 주민들이 직접 교육감을 선출하는 방법이 가장 민주적이라는 논리를 편다. 교육감 직선제는 지방교육을 중앙교육에 예속되지 않도록 하기 위해 필요한 제도라는 주장이다.
그러나 반대 측은 ▶교육감 임기가 중단되고 다시 뽑는다면 지속가능하고 일관된 교육이 불가능하며 ▶교육부와 당선된 교육감의 정치적 성향이 맞지 않아 각종 사안을 두고 마찰을 빚는 일이 잦고 ▶선거비용이 너무 많이 든다는 문제를 들고 나온다.
