기무사는 병역비리 수사 개입 주장에 대해 "기무사는 당시 청와대와 천용택 국방장관에게 병역비리에 대한 적극적 수사를 강하게 건의했고 군검찰의 수사에 협력해왔다" 며 '모함' 이라고 강하게 반발했다.
기무사 관계자는 일부 기무사 요원들이 1999년 7월 군의관들을 찾아가 진술을 요구했던 것에 대해 13일 "군검찰단이 전과 투성이인 민간인 金모씨로 하여금 수사하게 하면서 기무사를 표적으로 삼고 '기무사 장성이 개입돼 있다' 는 등의 주장을 했기 때문에 '사실은 그렇지 않다' 는 것을 소명하기 위한 차원이었다" 고 말했다. 기무사측은 "군검찰 수사 결과 소수 직원들의 개인 차원 비리는 발견됐지만 조직적인 대규모 비리는 나타나지 않았다" 고 해명했다.
또 " '수사과정에서 비위 부조리 연루자 발견시 법에 따라 엄중 조치하라' 는 기무사령관 지침을 하달했었고 앞으로도 군검찰 수사에 협력할 것" 이라고 강조했다.
한편 이명현 소령의 기무사 요원 비리 주장에 대해선 "당시 군검찰 내부에서 있었던 갈등이 감정적으로 표출된 것" 이라며 "이후 기무사 비리에 대해 철저한 수사가 진행된 만큼 기무사의 병역비리 관련 의혹은 모두 해소됐다" 고 덧붙였다.
