학교법인에 대한 과세시비

국세청은 요즘 학교법인을 비롯한 비영리법인에 대해 세무조사를 실시중인 바, 올들어 1차로 연세대재단에 5천2백만원의 법인세를 부과했다한다. 국세청에 의하면 연세재단에 대한 과세는 구세브란스병원의 건물·대지등 매각으로 생긴 약 2억원의 부동산소득을 학교법인 연세대학교측에 전출했는데 국세청은 이를 비지정기부금으로 인정, 5천만원의 법인세를 5월말까지 납부토록 통고한 것이다.
학교법인에 대한 과세는 이번이 처음이 아니고, 작년도에도 68년도의 몇몇 사립대학부속병원사업을 수익사업으로 인정하여 법인세를 부과한 적이 있었으며 학교측은 이에 불복, 부속병원사업은 비영리법인의 비수익사업이라고 맞서 행정소송을 제기하여 아직도 계류중에 있는 실정이다. 따라서 학교법인에 대하여 법인세나·영업세를 부과하는 것은 현재 문제가 되고있는 몇몇 사립대학의 부속병원사업에만 국한된 문제가 아니고, 사립학교법인의 모든 수익사업과 관련된 문제이기에 교육계 전체의 관심의 대상이 되고있다 할 것이다.
사립학교법을 보면 학교법인은 사립학교의 경영에 충당하기위하여 수익을 목적으로 하는 사업을 할 수 있다고 규정하고, 수익사업을 하는 경우에는 감독청에 신고하도록 하고있다. 우리가 알기에는 부속병원의 운영은 교육의 일부이며 수익사업이 그 목적은 아니라 할 것이데 이 점은 영업세법시행령도 69년1월6일의 개정으로 의료업은 영업이 아니며, 따라서 영업세를 부과할 수 없다고 명백히 규정하고있기에 대학부설병원에 대한 영업세 부과는 그것이 수익을 목적으로한 사업이 아닌만큼 부당하다고 하지 않을 수 없을 듯하다.
원칙적으로도 학교법인에 대해서는 정부 또는 지방자치단체가 도리어 보조금을 지급하도록 하고있고, 학교법인에 증여하는 기부금에 대하여는 그 해당액에 대한 소득세를 면제하도록 사립학교법 제43조의2에 명백히 규정하고 있기에 국가는 사립학교법인을 육성하기위하여 가능한한, 세금을 부과하지 않는 것이 문명국가의 통례라 할 것이다. 따라서 이번에 문제된 연세대학재단에 대한 법인세부과의 경과를 소상히는 알 수 없다 하더라도 보도된 취지만을 가지고 따질 때에는 국세청의 법인세부과가 결코 온당하다고는 할 수 없을 것 같다.
또 학교법인자체의 기본재산처분액에 대한 직접과세는 더 말할 것도 없거니와 국세청이 만약에 보도된대로 법률상 별도법인체인 구세브란스병원 매각대금등 약 2억원의 부동산소득을 연세대학에 전출한 것에 대한 법인세를 과세했다고하는 경우에도 불법이 아닌가 생각된다.
법인세법은 제1조에서 학교법인은 비영리법인이기에 ①영업세법 1조의 영업이나 ②축산업과 의료업 ③부동산대여와 비영업자금으로 인한 수입 ④대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입이 아닌 것에 대해서는 법인세를 부과할 수 없도록 규정하고 있다.
국세청은 이를 비영업자금으로 인한 수입으로 본 것 같으나 그것도 타당하다고는 할수 없을 것이다.
또 법인세법 제18조는 지정기부금을 규정하여 지정기부금은 연금으로 산입할 수 있도록 하고, 그 6호에서 기술진흥을 위한 기부금과 장학금 및 학술연구를 위한 기부금은 지정기부금이기에 면세되도록 하고있으며, 또 법인세법 시행령 제35조2항도 ⓛ학교의 교육상 필요한 시설을위하여 지출한 기부금 ②주무부장관이 추천하는 개인 단체등에 교육비 또는 연구비로 지출한 기부금이나 장학금은 면세하도록 하고있는 것이다. 따라서 연세대학교법인이 주장하는 것처럼 전입금이 학교법인에 대한 기부금이었다면 이에 과세하는 것은 위법일 뿐만 아니라 사학의 육성을 저해하는 것이라 하지 않을 수 없다.
국세청은 정부가 사립학교법을 제정하여 사립학교법인을 조성하게하고, 기부금에 대해서는 면세하게 하고있고 조직변경등에 인한 경우에도 등록세등을 면세하고있는 취지를 살려 학교법인에 대한 과세는 삼가는 것이 옳지않을까 생각한다.