하지만 이듬해 헌법재판소에서 위헌판결을 내리면서 행정수도 논의는 원점으로 돌아간다. 이에 따라 국회는 2005년 행정부 일부(12부4처2청)를 이전하는 형태의 세종시를 건설하기로 했다. 당시 박근혜 한나라당 대표는 소속 의원들의 거센 반대에도 불구, 국민과 약속했다는 이유로 해당 법을 처리했다.
하지만 이명박 정부가 출범하고 2009년 9월 정운찬 국무총리 당시 내정자가 세종시 수정 필요성을 시사하면서 세종시 문제가 다시 논란의 중심에 섰다. 가장 유력한 대선 후보로 꼽히는 박근혜 전 한나라당 대표가 '원안'을 주장하고 이명박 대통령이 행정의 비효율성이 우려된다며 세종시 수정 방침을 분명히 하면서 한나라당 내 갈등이 증폭되고 있다.
정부는 현재 교육·과학 중심의 경제도시를 건설하는 신안(또는 수정안)을 발표한 상태다. 2007년 대선후보 경선 이후 계속돼온 친이명박계와 친박근혜계 간의 반목에서 갈등의 원인을 찾는 분석도 있다.