수원시 vs 서울대 30억대 '세금 전쟁'...감사원 '수원' 손 들어줘

서울대 정문 [중앙포토]

경기도 수원시와 서울대학교가 벌여온 30억 원대 ‘세금전쟁’에서 일단 수원시가 승리했다. 감사원이 수원시의 지방세 부과가 부당하다며 서울대가 낸 심사청구를 기각하면서다.

"법인 서울대 국가기관으로서 비과세 지위 없어" #서울대, "국가예산으로 지자체 세금납부?" 소송검토 #수원시 행정소송 적극 대응...2라운드 세금전쟁 예상

수원시는 서울대가 지난 2015년 12월 낸 ‘취득세 등 부과처분에 관한 심사청구’ 등을 감사원이 모두 기각했다고 16일 밝혔다.

앞서 국립대에서 국립대법인으로 전환한 서울대는 지난 2012년 1월 수원시 권선구 서둔동 103-2번지 외 30필지 내 토지 45만9780㎡와 건물 4만4278㎡를 교육부(당시 교육과학기술부)로부터 무상으로 양여 받았다. 이들 부동산의 과세표준액은 1924억여 원 규모다. 이후 교육목적 등에 사용하기 위해 취득한 부동산으로 신고해 취득·재산세 납부를 면제받았다.

감사원 심사결정 사본. '심사청구를 기각한다'는 주문이 담겨 있다. [사진 수원시]

서울대는 서둔동 무상 양여 토지·건물을 리모델링해 농생대 창업보육센터·수의대 연구소·박물관 등을 운영 중이다.

하지만 수원시는 대학이 교육사업 등에 사용하기 위해 취득한 부동산에 대한 취득세 면제 기간이 2012년 말로 종료되자 지방세 특례제한법을 근거로 세금 부과에 나섰다. 해당법은 정당한 사유 없이 취득일부터 3년경과 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않을 경우 세금을 물리도록 하고 있다.

이에 수원시는 유예기간이 끝난 2015년 1월부터 실사 등을 거쳐 같은 해 6월 취득세 등 30억2460만원을 처음으로 부과했다. 무상 양여 중 사용하지 않은 부동산 취득세 17억3305만원과 다른 용도로 사용한 창업보육센터 재산세 8억2257만원 등이 포함됐다. 그 뒤 재산세·지방교육세 등이 추가돼 모두 36억3862만원의 지방세가 부과됐다.

서울대 수원캠퍼스 현황. [자료 수원시]

서울대는 반발했다. 법인으로 전환됐지만 사실상 국가기관으로서 비과세 지위를 갖고 있고, 실질적인 부동산 취득 사실 자체를 인정할 수 없다 등의 이유였다. 성낙인 총장은 “정부 예산으로 지자체에 세금을 내게 되는 것”이라며 부정적인 입장을 밝혔다고 한다. 이 같은 부당성을 들어 2015년 말부터 일 년간 세 차례 감사원에 심사청구를 냈다.

그러자 감사원은 법인 서울대의 비과세 지위 등을 인정하지 않는 등 수원시의 손을 들어줬다.

서울대는 이번 감사원의 기각 결정을 받아들이지 않고 수원시를 상대로 행정소송을 제기할 예정이라고 한다. 수원시 역시 소송대비를 철저히 할 방침이어서 ‘부당 과세냐’ ‘정당 과세냐’를 놓고 양측의 치열한 법정공방이 예상된다.

수원시 관계자는 “서울대의 행정소송이 곧 들어올 것으로 알고 있다. 서울대는 추진 대상이 된 날부터 30일이내 취득세 등을 신고 납부하지 않았었다. 지방세 부과는 정당한 납세행정”이라고 말했다.

서울대는 현재 별도의 입장을 밝히지 않고 있다.

수원=김민욱 기자 kim.minwook@joongang.co.kr