"임상시험에 부가가치세? 가뜩이나 어려운데…"

온라인 중앙일보

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최근 정부가 학교법인에서 시행한 임상시험에 대해 부가가치세를 징수하자 병원계가 철회를 요구하고 나섰다.

대한병원협회는 7일 “모든 임상시험에 대해 현행과 같이 부가가치세를 면제하고 최근 국세청이 임상시험 용역을 수행한 3개 학교법인에 추징한 부가가치세에 대해 철회할 것을 건의했다"고 밝혔다.

병협 건의서에 따르면, 임상시험을 하는 기관들은 학술연구용역과 기술개발을 면세대상으로 규정한 부가가치세법 시행령 제42조 및 동법 시행규칙 제32조에 근거해 부가가치세를 신고하지 않았다.

‘신제품을 개발하거나 제품의 성능이나 질·용도 등을 개선시키는 연구용역은 면세 대상에 해당된다’고 규정을 근거로 부가세 면세 대상으로 인식해왔다. 단 시판 후 임상시험 용역, 즉 4상 임상시험(PMS)에 대해 일부 과세신고를 하고 세금을 납부해 왔을 뿐이다.

그러나 최근 국세청이 ‘13년 하반기 일부 병원에 대한 세무조사’를 시행하면서 임상시험 연구비용에 부가세를 추징해 논란이 불거졌다.

한림대와 을지대, 가톨릭대 3개 학교법인을 대상으로 5년치(2008년~2012년) 부가세 약 130억원을 추징한 것.

이에 병협은 금번 세무조사에 대해 문제점을 지적하고 시정을 요청했다.

병협은 “그동안 국내·외 임상시험 용역 계약 시 거래당사자(위탁 및 수탁)들은 면세적용으로 부가가치세를 제외해 체결해왔다”면서 “국세청이 과세를 추징함으로써 해당 수탁기관은 부가가치세를 대납하고 위탁기관으로부터 받아야 하는 실정”이라고 설명했다.

하지만 이미 계약이 종료된 위탁기관으로부터 부가가치세액을 받는 것은 사실상 어려우며 이에 따라 분쟁 발생이 우려된다는 입장이다.

병협은 “시험건수의 약 50%가 다국가간 계약인만큼 국가간 분쟁의 소지가 있으며 이는 국가 신뢰도에도 악영향을 미칠 수 있다”고 지적했다.

병협에 따르면 현재 우리나라의 임상시험 실시 기관은 164개다. 건수로는 2004년 136건에서 2012년 670건으로 매년 증가추세다. 임상시험 국가순위는 2012년 10위, 전 세계 도시별 순위는 서울이 1위를 차지한다.

병협은 “우리나라는 2000년 본격적인 임상시험을 시작해 10여년 만에 아시아 1위, 전세계 10위권의 임상시험 선진국으로 발돋움 했다”면서 “우리나라가 짧은 시간에 임상시험의 선진국 반열에 오를 수 있었던 것은 높은 의료수준, 정부의 과감하고 꾸준한 지원과 다른 국가에 비해 저렴한 연구비에 기인한 것”이라고 설명했다.

더불어 “향후 임상시험 용역에 부가가치세를 부과한다면 우리나라의 임상시험에 대한 가격 경쟁력이 떨어지게 된다”면서 “임상시험에 대한 부가가치세 대상 논의는 신중해야 한다”고 강조했다.

한편 국세청은 “제약사가 일정 금액을 지불하고 병원에 발주하는 연구용역 형태인 임상시험은 적법한 과세 대상”이라는 입장이다.

보건복지부는 임상시험연구비 과세에 대한 병원들의 반발이 거세지자 구체적인 사태 파악 후 기획재정부, 국세청과 협의해 나가겠다고 밝혔다.