정부는 김대중씨 납치사건에 주일한국대사관의 김동운 1등 서기관이 관련됐다고 일본정부가 일방적으로 발표한 사실에 항의한 것으로 알려졌다.
알려진 바에 의하면 8일 지난6일「우시로구」주한일본대사가 김용식 외무장관을 방문한 자리에서 김 장관은 정부의 수사결과 김 서기관은 이사건과 전혀 관계가 없음이 밝혀졌다고 설명하고 일본정부와 언론의 일방적인 처사에 유감을 표시했다고 전했다.
이 자리에서는 일본정부의 김 서기관 자진출두요청이 외교관의 특권면제에 배치되는 것으로 이에 응할 수 없다는 정부방침이 전달된 것으로 전해졌다.