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이씨는 그간 인터뷰에서 아테네요 의대에 재학 중이던 1994년 남편(2010년 작고)을 만나 결혼을 결심, 학업을 중단하고 한국으로 건너왔다고 밝혔다. 일부 네티즌은 “필리핀은 의대 입학조건이 생물학이나 동물학 등 기초학문 분야 졸업자”라며 “이자스민은 의대를 갈 수 있는 학과에 들어간 것뿐이고 의대생은 아니었다”며 학력위조 의혹을 제기했다. 민주통합당은 논평을 통해 “학력위조는 결코 가벼운 문제가 아니다”며 이씨의 공개 사과를 요구했다.
이에 대해 이씨는 “내가 다닌 아테네요 대학교의 자연과학부(Natural Science Division)는 대부분 학생이 의대를 지망해 한국의 의예과 개념으로 분류된다”고 해명했다. 실제 이 학교의 홈페이지 FAQ(자주 묻는 질문들) 게시판에는 ‘생물학 학사 졸업자 100%가 의대에 진학해 왔다’는 안내글이 있다. 이씨는 “내가 이런 과정을 소개하면 모두 ‘의대 다녔던 것으로 보면 된다’고 해서 중간설명을 생략해왔다”고 밝혔다.