사찰 건립에서 내로라하는 장인들이 합심합력해 창건한 보탑사 3층목탑의 첫째가는 특징은 3층까지 사람들이 올라다니며 활동할수 있다는 것.
외형은 탑이되 내부는 불당인 이같은 다층양식은 신라 황룡사 9층탑 이래 처음으로 우리 사찰의 한 원형을 복원했다는 점에서세월이 흐른 뒤 문화재로 귀중한 가치를 지닐 것으로 보인다.
보탑사 3층목탑은 1층 사방불전(四方佛殿),2층 대장전(大藏殿),3층 미륵전으로 구성돼 있다.60평 넓이의 사방불전은 9백99개의 소형탑으로 이루어진 백자천불탑을 중심에 두고 비로자나불.석가여래.약사여래.아미타여래와 협시불 등 1 2부처가 사방에 자리잡은 보기 드문 양식을 하고 있다.
2층 대장전에는 8만대장경 번역본이 안치됐는데 특히 법화경 17만자를 총 무게 9에 이르는 돌에 새겨 봉안할 계획이다.3층 미륵전에는 광배(光背)를 한 미륵불과 법화림 보살 등이 존치됐다.