연구원들은 또 YTN과의 인터뷰에서 이들이 PD수첩측으로부터 "황 교수의 논문이 취소되고 검찰에 구속될 수 있다"는 위협성 발언을 여러차례 들었다고 증언했다.
보도에 따르면 미국 피츠버그 의대에 파견된 황우석팀의 연구원들은 YTN과의 인터뷰에서 PD수첩팀이 당초 생명공학 다큐멘터리를 찍는다며 접근했으나 취재과정에서"우리는 황우석 교수를 조용히 끌어 앉히려 왔다"또는"황 교수를 죽이러 왔다"고 말했다고 주장했다. 그 과정에서 PD수첩측은 박종혁 연구원에게 "셀(복제줄기세포)라인이 가짜로 판명나 아마 두 논문이 다 취소가 될 것이다. 그 일로 황우석 교수가 구속되고 세상이 바뀔 것"이라며 위협적 발언을 했다는 것. 김선종 연구원도 PD수첩측이"미국에서도 수사가 진행될 수도 있다. 솔직하게 다 말하면 김 박사의 진로에 대해서는'솔루션'(대책)을 내놓겠다"며 회유했다고 주장했다.
YTN은 또 PD수첩팀이'몰래카메라'방식으로 대화내용을 녹취하고 촬영했다며 취재윤리 문제를 제기했다. 이와 관련 김 연구원은 "지금 혹시 녹취하거나 촬영하고 있느냐고 묻자 (PD수첩팀은) 아무런 답변도 하지 않았다"고 말했다.
김 연구원은 논문의 진위와 관련해 자신이 중대 증언을 했다는 PD수첩측의 주장에 대해서도 그런 사실이 없다며 부인했다. 그는 "그 분들(PD수첩팀)은 계속 셀이 없다고 생각하기 때문에 그런 생각을 하는 것 같은데 그럴 리는 없다고 분명히 말했다"고 증언했다. 연구원들에 따르면 PD수첩은 미즈메디병원이 만든 배아줄기세포가 황교수팀의 복제 배아줄기세포로 둔갑한 것이 아닌가 집중 확인했던 것으로 나타났다.
YTN은 또 PD수첩팀의 취재가 황우석 교수팀과 섀튼 교수(미국 피츠버그대학)와의 결별에도 영향을 끼쳤을 가능성이 있다고 보도했다. PD수첩 제작진이 연구원들에게 난자 제공의 진위 여부 등을 물었고, 연구원들의 답변내용 전체를 섀튼 교수에게 보고했었다는 것. 박종혁 연구원은 "(새튼 교수가)당연히 MBC에서 왔다는 걸 알기 때문에 보고를 하도록 요청 했고, 보고를 했다"고 밝혔다.
이같은 연구원들의 주장에 대해 PD수첩측은 "모든 것은 6일 방송에서 밝히겠다"고만 답했다고 YTN이 보도했다.
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