검찰은 당시 미래연이 직원 급여 지급에 차질을 빚을 만큼 재정난을 겪자, 김씨의 미래연 급여를 국회 인턴 급여로 충당했다고 봤다. 이에 2021년 11월 윤 의원과 백 전 의원을 각각 벌금 300만원에 약식기소했다. 법원은 같은해 12월 이들에게 검찰보다 많은 벌금 500만원의 약식명령을 내렸으나, 윤 의원은 불복하고 정식 재판을 청구했다. 백 전 의원은 약식명령을 받아들여 정식 재판이 열리지 않았다.
이후 열린 정식 재판에서 윤 의원은 “백 전 의원과 인턴 채용 문제로 대화를 나눈 적이 없다” “작은 연구소의 기획실장이던 내가 500만원을 편취해 국가를 상대로 사기 범행을 저지를 이유가 없다”며 혐의를 전면 부인했다. 윤 의원이 이날 선고 공판에 출석하지 않아, 재판부는 양형 이유를 밝히지 않은 채 벌금형을 선고했다. 약식명령에 불복해 정식재판을 청구하는 경우 피고인 없이 선고가 가능하다.