서울행정법원 행정8부(부장 이정희)는 유 총장 청구를 기각하면서 “배우자가 보유한 주식의 발행 기업은 감사원의 선택적 회계 감사 대상 기업에 해당하며, 감사원 사무총장의 권한과 업무 범위에 비춰 이해충돌 가능성이나 위험성이 없다고 볼 수 없다”고 지적했다. 또 “자신의 사적 이해관계와 국민에 대한 공적 이해관계가 충돌할 경우 당연히 후자를 우선해 이해충돌을 회피하고 직무에 전념할 의무가 있고, 이를 공무원 개개인의 양심에만 맡겨둘 것이 아니라 국가가 제도적으로 보장할 필요성이 있다”며 인사혁신처 손을 들어줬다.
재판부는 “공직자윤리법 조항 자체가 문제”라는 유 총장의 위헌법률심판제청 신청도 기각했다. 재판부는 “직무 관련성을 인정하여 주식의 처분 등을 명하는 공직자윤리법 조항으로 인한 사익 침해가 그로 인해 확보되는 공익보다 크지 않다”고 말했다.
유 총장은 문재인 정부에서 월성원전 1호기 경제성 조작 의혹 사건을 감사한 뒤 감사연구원장으로 밀려났다. 윤석열 대통령 당선 후 대통령직인수위원회 전문위원을 거쳐, 지난해 6월 두 직급을 승진(2급→차관급)해 사무총장이 됐다. 유 총장 측은 이날 중앙일보에 “더는 소송을 진행하지는 않을 것”이라고 말했다.