검찰에 따르면 이 대표는 성남시장 시절 민간업자들에게 유리한 대장동 개발 사업 구조를 승인해 성남도시개발공사에 4895억원의 손해를 입힌 혐의를 받는다. 이 과정에서 측근들을 통해 성남시나 성남도개공의 내부 비밀을 민간업자들에게 흘려 7886억원을 챙기게 한 혐의도 있다.
2013년 11월 위례신도시 개발 사업에서도 민간업자들에게 내부 정보를 알려줘 부당 이득 211억원을 얻게 한 의혹을 받고 있다.
이 대표는 성남FC 구단주로서 2014년 10월∼2016년 9월 두산건설, 네이버, 차병원, 푸른위례 등 4개 기업의 후원금 133억5000만원을 받는 대가로 건축 인허가나 토지 용도 변경 등 편의를 제공한 혐의도 있다.
2014년 10월 성남시 소유 부지를 매각하는 대가로 네이버에 성남FC 운영자금 명목으로 50억원을 달라고 요구하고, 네이버의 뇌물을 기부금으로 포장하도록 한 혐의도 포함됐다.
이 대표 기소는 윤석열 정부 출범 후 두 번째다. 이 대표는 20대 대통령 선거 과정에서 고(故) 김문기 성남도개공 개발1처장을 몰랐다고 허위 발언한 혐의 등으로 지난해 9월 기소돼 재판을 받고 있다.