이들은 해양수산부 공무원 고(故) 이대준씨가 북한군에게 살해된 다음 날인 2020년 9월 23일, 사건을 은폐할 목적으로 국정원과 국방부 관련 첩보를 삭제하도록 지시한 혐의 등을 받는다. 검찰은 박 전 원장이 당시 국정원 직원들에게 해수부 소속 공무원 피격·소각 등과 관련한 여러 첩보 및 보고서를 삭제하게 해 의무 없는 일을 하도록 한 것으로 봤다.
검찰은 서 전 장관의 경우 관련자들에게 서훈 전 국가안보실장의 ‘보안 유지’ 취지 지시를 이행하게 하고, 숨진 이씨가 자진 월북한 것이라는 취지로 허위 보고서와 허위 발표 자료 등을 작성하게 한 혐의 등이 있다고 판단했다. 검찰은 첩보 삭제를 지시한 의혹을 받는 서 전 실장은 계속 수사할 방침이다. 서 전 실장은 앞서 지난 9일 직권남용권리행사방해 혐의 등으로 구속 기소됐다.
이씨의 친형 이래진씨는 이날 검찰 결정에 대해 “박지원·서욱 같은 사람들이 구속되지 않고 처벌받지 않는다면 우리나라 헌법의 존재 이유가 없는 것이다. 당연히 구속되고, 법정 최고형으로 다스려야 할 중범죄”라며 “검찰에 강력하게 항의하겠다”고 말했다.