통일부에 대해서도 이 대표는 "북한은 연락사무소를 폭파하고 우리 국민을 살해하고 시신을 소각하는데 통일부는 아무 말도 못 하고 있다"고 지적했다. 그는 "그렇다면 이 조직들은 수명이 다했거나 애초에 아무 역할이 없는 부처들인 것"이라고 비판했다.
그러면서 이 대표는 여권을 겨냥해 "야당과 입법부의 으뜸가는 역할은 정부의 기능에 대한 감시"라며 "정부부처들의 문제를 야당에서 지적했더니 젠더 감수성을 가지라느니, 윤석열 총장 의혹을 덮으려고 한다느니, 공부하라느니, 통일을 위해서 뭘 했냐느니 (한다). 이게 대한민국의 정당 간의 정상적인 상호반론인가"라고 따져 물었다.
이 대표는 최근 여성부에 이어 통일부도 폐지해야 한다고 주장했다 비판에 직면했다. 이인영 통일부 장관은 통일부 폐지론에 "부족한 역사 인식과 사회인식에 대한 과시"라고 비판했다. 이낙연 전 더불어민주당 대표도 "국가적 과제를 안다면 결코 내놓을 수 없는 황당한 주장"이라고 했다.