문 특보는 지난 16일 워싱턴에서 열린 세미나에서 “문재인 대통령이 두 가지를 제안했는데, 첫째는 북한이 핵과 미사일 활동을 중단할 경우 한미 연합군사훈련의 규모를 줄이는 방안을 미국과 협의할 수 있다”, “내 생각에 문 대통령은 한반도에 배치된 미국의 전략자산 무기 역시 축소될 수 있다는 점을 염두에 두고 있다고 생각한다”는 말을 했다. 이 발언들은 정상회담을 앞둔 양국간 '엇박자'를 부각하며 파장을 불렀다. 문 특보는 당시 '문 대통령'을 거론하며 발언을 했지만 문 대통령은 이를 '특보 자격이 아닌 개인적인 견해'로 의미를 좁힌 것이다.
문 대통령은 지난달 21일 문 교수의 특보 기용을 본인이 직접 발표하며 “비록 비상임이지만 앞으로 새 정부의 통일외교안보 정책 기조와 방향을 저와 함께 논의하고 챙겨나가게 될 것”이라고 했다. 하지만 이날 인터뷰에선 “문 특보는 상근 특보가 아니다”라면서 “학자로서 자유로운 활동을 하면서 필요할 때 제가 자문을 구하는 그런 관계”라고 소개했다. 이어 “구체적인 전략이나 전술은 한·미 정상회담을 통해서 결정해야 한다”며 “또 그것이 양국의 긴밀한 공조 속에서 힘이 모아져야만 실효성이 있을 것이라고 믿는다”고 덧붙였다.
‘대선 후보 시절엔 한·미연합훈련 축소 가능성도 언급했다’는 질문에 대해 문 대통령은 “저는 선거 과정에서 한·미군사훈련의 축소 혹은 조정을 말한 적이 없다”며 "북한 핵 문제를 해결할 수 있는 방안은 한국이 일방적으로, 또 단독으로 추진할 수 있는 것이 아니다”고 했다.
하지만 실제로 문 대통령은 지난 4월 방송기자클럽 초청토론회에서 ‘북핵 동결과 그에 대한 검증’을 전제로 "한·미간 군사훈련을 조정하거나 축소하는 등 그에 상응하는 조치를 단계적으로 할 수 있을 것"이라고 밝혔다.
한편 이날 새벽 인천공항을 통해 귀국한 문 특보는 논란이 된 발언에 대해 “학자로서 이야기 한 것”이라고 해명했다.
그는 “나는 특보지만 교수가 내 직업이고, 나는 대통령에게 자문을 주는 것”이라며 “자문을 받고 안 받고는 그 분(문 대통령)의 결정”이라고 말했다.