사법연수원 수료 후 판사 임용이 거부되고 나서, 고향 부산으로 내려가 노무현 변호사를 만나 함께 합동법률사무소를 운영하며 오랜 기간 인권변호사로 활동했다. 2003년에 참여정부 초대 대통령비서실 민정수석을 역임했다. 2004년 히말라야 트레킹을 위한 체류 중 노무현의 탄핵 소추 소식을 듣고 즉시 귀국해 변호인단의 간사를 맡았으며, 2005년 다시 청와대에 들어가 대통령비서실 시민사회수석, 민정수석을 거쳐 참여정부 마지막 대통령비서실장을 지냈다. 제19대 총선에 출마해 부산 사상구에서 당선됐으며 이후 대통령 출마를 선언했고, 같은 해 손학규·김두관·정세균 등과 겨루어 전국 순회경선 13회 전승을 거두며 민주통합당 제18대 대선 후보로 확정됐다. 이후 무소속으로 출마한 안철수가 문재인과의 단일화 및 경선 룰 협상을 하던 중, 돌연히 사퇴한 뒤 문재인을 지지하는 방향으로 야권 후보 단일화가 이루어졌으나 새누리당의 박근혜 후보에게 패배했다.
2014년 12월 29일 공식적으로 새정치민주연합의 당 대표 출마를 선언했고, 박지원·이인영 등과 겨루어 이듬해 2월 8일 당 대표에 당선되었다. 2016년 1월 19일 신년기자회견에서 대표직을 내놓고 백의종군하겠다는 입장을 밝힘으로써 당 대표에 선출된 지 345일 만에 중도하차했다. 당 대표직 사퇴 이후 문재인 대표 자신의 정치적 행보뿐 아니라 더불어민주당을 비롯한 야권과 정치계 전반에 어떤 변화가 일어나게 될지, 4월 총선 및 차기 대선에 어떤 영향을 미치게 될지 등 다양한 정치적 전망이 가능한 시점이다.